องค์ประกอบหลักและการจัดเรียงอุปกรณ์ภายในเครื่องสเปกโทรฟลูออโรมิเตอร์ จะคล้ายกับภายในเครื่องสเปกโทรโฟโตมิเตอร์ แตกต่างกันตรงที่ เครื่องสเปกโทรฟลูออโรมิเตอร์ จะมีส่วนแยกความยาวคลื่น 2 ตัวคือ ส่วนแยกความยาวคลื่นที่ใช้ในการกระตุ้นโมเลกุลของสารละลาย (excitation monochromator) และส่วนแยกความยาวคลื่นแสงฟลูออเรสเซนต์ที่โมเลกุลของ สารละลายคายออกมา (excitation monochromator) ส่วนเครื่องสเปกโทรโฟโตมิเตอร์จะมี monochromator ตัวเดียวทำหน้าที่เลือก ความยาวคลื่นที่เราต้องการผ่านเข้าไปสู่สารละลาย การจัดวางเครื่องมือในเครื่องสเปกโทรฟลูออโรมิเตอร์ จะจัดวางให้ช่องแสงเข้า อยู่ในทิศตั้งฉากกับช่องแสงออก เนื่องจากป้องกันไม่ให้มีแสงจากแหล่งกำเนิดแสงไป ตกกระทบที่ตัวตรวจวัด เพราะเราต้องการวัดเฉพาะแสงฟลูออเรสเซนต์ที่สารคายออก มาเท่านั้น ส่วนเครื่องสเปกโทรโฟโตมิเตอร์นั้นจะวางช่องแสงเข้าและออกในแนวเดียวกัน เพื่อวัดปริมาณแสงจากแหล่งกำเนิดแสงที่ถูกดูดกลืนไปเมื่อวางสารละลายขวางทาง เดินของแสง
ส่วนแยกความยาวคลื่นที่ใช้ในการกระตุ้น (excitation monochromator) มีหน้าที่เลือก ความยาวคลื่นที่เราต้องการใช้สำหรับการกระตุ้นโมเลกุลให้ขึ้นไปอยู่ในสภาวะเร้า ส่วนแยกความยาวคลื่นแสงฟลูออเรสเซนต์ที่โมเลกุลของสารคายแสงออกมา (emisstion monochromator) มีหน้าที่เลือกเฉพาะความยาวคลื่นแสงฟลูออเรสเซนต์ ที่เราต้องการจะวัด