สิ่งมีชีวิตมีวิธีควบคุมเมแทบอลิซึมโดยการควบคุมอัตราเร่งของตัวเอนไซม์เอง ซึ่ง
ทำได้สองวิธี คือ การควบคุมอัตราเร่งของเอนไซม์โดยใช้ตัวกระตุ้นหรือตัวยับยั้ง และ
การควบคุมปริมาณของเอนไซม์ที่ทำงานได้การควบคุมอัตราเร่งของเอนไซม์โดยใช้ตัวกระตุ้น
หรือตัวยับยั้ง อาศัยหลักการที่ว่าเอนไซม์หลายตัวในเมแทบอลิซึมเป็นอัลโลสเตียริกเอนไซม์
(allosteric enzyme) ซึ่งสามารถถูกยับยั้งหรือถูกกระตุ้นได้ด้วยสารที่มีโครงสร้างต่างไปจาก
โครงสร้างของตัวเข้าทำปฏิกิริยา โดยสารนี้จะจับที่บริเวณอัลโลสเตียริกของตัวเอนไซม์ซึ่งเป็น
บริเวณที่ไม่ใช่บริเวณจับของตัวเข้าทำปฏิกิริยา ดังนั้นถ้าเอนไซม์เป็นประเภทอัลโลสเตียริก
เอนไซม์ก็จะถูกควบคุมด้วยตัวยับยั้งหรือตัวกระตุ้นที่เป็นอัลโลสเตียริก ทำให้กระบวนการของ
เมแทบอลิซึมช้าลงหรือเร็วขึ้นได้ แบบแผนของการยับยั้งที่สำคัญคือการยับยั้งด้วยผลผลิต
สุดท้ายของการสังเคราะห์สารในกระบวนการสังเคราะห์ ที่เรียกว่า การยับยั้งแบบป้อนกลับ
(feed-back inhibition) ในกรณีของการกระตุ้นมักพบในกระบวนการสลาย (catabolism)
ในลักษณะการกระตุ้นแบบป้อนไปข้างหน้า (feed-forward activation)





ภาพที่ 6.8 การควบคุมการทำงานของเอนไซม์โดยใช้ตัวกระตุ้นหรือตัวยับยั้ง
           ส่วนการควบคุมปริมาณของเอนไซม์ที่ทำงานได้นั้นเกิดขึ้นในกรณีที่เซลล์ต้องการเพิ่ม
อัตราเร่งของปฏิกิริยาที่กำหนดอัตราเร็ว โดยเซลล์อาจเพิ่มปริมาณของเอนไซม์ที่ทำงานได้
ณ จุดนั้น หรือเมื่อต้องการลดเมแทบอลิซึมก็จะลดปริมาณของเอนไซม์ที่ทำงานได้ ณ จุดนั้น
การเพิ่มหรือการลดปริมาณของเอนไซม์อาจทำได้สองวิธี คือการเพิ่มหรือลดการสังเคราะห์
เอนไซม์โดยการควบคุมที่ระดับยีน ถ้าเพิ่มการสังเคราะห์เอนไซม์ระดับยีนเรียกว่า การชักนำ
(induction) ถ้าลดการสังเคราะห์เอนไซม์ระดับยีนเรียกว่า การกดดัน (repression)
อีกวิธีหนึ่งได้แก่ การแปรรูปเอนไซม์จากโปรเอนไซม์ (proenzyme) ให้เป็นเอนไซม์ที่
ทำงานได้ หรือการแปรรูปจากเอนไซม์ที่ทำงานไม่ได้ (inactive enzyme) ให้เป็นเอนไซม์
ที่ทำงานได้ กระบวนการชักนำหรือกดดันในการเพิ่มหรือลดการทำงานของเอนไซม์นั้นใช้เวลา
ในการเกิดนานมากเนื่องจากว่าต้องผ่านกระบวนการคัดลอกดีเอ็นเอและกระบวนการแปลรหัส
ของโปรตีน ส่วนการแปรรูปของโปรเอนไซม์นั้นสามารถเกิดขึ้นได้รวดเร็วกว่าเนื่องจากโมเลกุล
ของโปรเอนไซม์ถูกสร้างเอาไว้แล้ว ต้องการแค่เพียงการเปลี่ยนแปลงรูปร่างเพิ่มเติมเท่านั้น