ปัญหา

     1. การกักเก็บแก๊สไฮโดรเจน เพื่อนำไปใช้งานในเซลล์เชื้อเพลิงทำได้ยาก ปัญหานี้จึงเป็นปัญหาที่สำคัญที่สุด ปัจจุบันนักวิจัยพยายามแก้ปัญหานี้โดยผลิตอุปกรณ์ชนิดหนึ่ง เรียกว่า รีฟอร์มเมอร์ (reformer) มีหน้าที่เปลี่ยนสารไฮโดรคาร์บอน(เมทานอล, แก๊สโพรเพน) หรือแอลกอฮอล์ให้เป็นไฮโดรเจน แต่การออกแบบรีฟอร์มเมอร์ยังไม่สมบูรณ์ ขณะใช้งานมีความร้อนเกิดขึ้นและได้แก๊สอื่นออกมาด้วย ทำให้ประสิทธิภาพของเซลล์เชื้อเพลิงลดลง

       2. ต้นทุนในการผลิตสูง การทำราคาขายให้ผู้บริโภคทั่วไปเป็นเจ้าของยังคงห่างไกลความจริง

       3. สถานีเติมเชื้อเพลิง เนื่องจากเซลล์เชื้อเพลิงต้องใช้พลังงานจากแก๊สไฮโดรเจน จำเป็นต้องลงทุนไม่ต่ำกว่า 20 ล้านบาท

     4. เป็นสนิมง่าย เนื่องจากเซลล์เชื้อเพลิงบางชนิดต้องใช้อุณหภูมิสูงทำให้เกิดสนิมได้ง่าย

     5. การเปลี่ยนแปลงที่ไม่พึงประสงค์หลายอย่างเกิดขึ้นที่ขั้วไฟฟ้าและตัวเร่งปฏิกิริยา เช่น เกิดการปนเปื้อนจากสารอื่น ซึ่งในขณะนี้ยังไม่มีขั้วไฟฟ้าชนิดใดที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาที่เหมาะสำหรับการทำงานเป็นเวลานาน ๆ โดยไม่มีการปนเปื้อนจากสารอื่น

     6. เกิดการรั่วได้ เซลล์เชื้อเพลิงเกิดการรั่วได้ง่ายเพราะสารที่ใช้เป็นเบสแก่