โครงร่างองค์กร คือ โดยย่อขององค์กร และสภาพแวดล้อมเชิงกลยุทธ์ เป็นสิ่งที่ผู้บริหารต้องรู้ และนำมาบริหารองค์กร โดยมี ประเด็นการพิจารณา ดังนี้

• หลักสูตรและบริการ คือ มหาวิทยาลัย/ส่วนงานให้บริการอะไรกับสังคม หรือเรียกว่า “พันธกิจ (Mission)” เช่น การศึกษา การวิจัย และบริการวิชาการ
• Mission, Vision, Values and Culture
  • Mission (พันธกิจ) คือ หน้าที่ที่ต้องทำ ไม่ทำไม่ได้ ตัวอย่าง การสร้างคนให้ประเทศ ตามความต้องการของประเทศ/สังคม/โลก ตามงบประมาณที่ได้รับมา
  • Vision (วิสัยทัศน์) คือ ความฝัน ความหวัง องค์กรอยากเป็นอะไรในอนาคต จะก้าวไปสู่ระดับใด
  • Values (ค่านิยม) คือ แนวทางในการทำงาน มหาวิทยาลัยมหิดลกำหนดไว้คือ MAHIDOL ทำให้องค์กรอยู่รอดยั่งยื่น นำไปสู่การเกิดเป็นวัฒนธรรมองค์กรต่อไป
  • Culture (วัฒนธรรม) คือ คุณลักษณะขององค์กรที่มีอยู่แล้ว สร้างยากมากกว่าค่านิยม
• แนวคิด World Class University โดยมีทฤษฎี ดังนี้ ประเทศหนึ่งควรมี World Class University สัก 1 แห่งเพื่อนำไปสู่เศรษฐกิจที่ดี
• บุคลากร คือ ข้อมูลอัตรากำลังทั้งหมด สามารถจัดกลุ่มได้ตามความเหมาะสม (Segment) เช่น ผู้บริหาร สายวิชาการ สายสนับสนุน แบ่งตาม Generation เพื่อนำมาออกแบบการสื่อสารให้เหมาะกับกลุ่มบุคลากรนั้น ๆ
• สินทรัพย์ คือ พื้นที่ อาคาร ระบบเครือข่าย ระบบฐานข้อมูลที่สำคัญ
• กฎ ระเบียบ ข้อบังคับ คือ องค์กรดำเนินการอยู่ภายใต้กฎหมาย ระเบียบ ข้อบังคับต่าง ๆ อะไรบ้างที่สำคัญ
• ลูกค้าและผู้มีส่วนได้ส่วนเสีย คือ ส่วนงานมีลูกค้าและมีผู้มีส่วนได้ส่วนเสียอะไรบ้างจำแนกตามพันธกิจ แต่ละส่วนงานต้องมีมหาวิทยาลัยมหิดลเป็นผู้มีส่วนได้ส่วนเสีย
• ผู้ส่งมอบ คือ หน่วยงานที่ทำให้งานขององค์กรราบรื่น
• พันธมิตร คือ หน่วยงานที่ร่วมมือกัน ให้ความร่วมมือกันในหลายๆ เรื่อง เช่น แหล่งฝึกงาน Double Degree
• ลำดับในการแข่งขัน คือ การเทียบเคียง หรือ การจัดลำดับต่าง ๆ กับทั้งคู่แข่ง และคู่เทียบ
• การเปลี่ยนแปลงความสามารถในการแข่งขัน คือ การเปลี่ยนแปลงที่สำคัญที่มีผลต่อสถานการณ์การแข่งขันขององค์กร
• ความท้าทายเชิงกลยุทธ์ คือ สิ่งกีดขวาง สิ่งที่องค์กรต้องก้าวข้ามเพื่อไปให้ถึงวิสัยทัศน์
• ความได้เปรียบเชิงกลยุทธ์ คือ องค์กรมีอาวุธอะไรที่จะทำให้ไปถึงวิสัยทัศน์
• ระบบการปรับปรุงผลการดำเนินการ คือ ระบบ/เกณฑ์ที่จะเครื่องมือเพื่อนำมาปรับปรุงผลการดำเนินการในแต่ละระดับ