การควบคุมการคัดลอกดีเอ็นเอในยูแคริโอตมีหลายวิธี เช่น โดยการทำงานของโปรตีน
หลายชนิดที่ทำหน้าที่เป็นทรานสคริปชันแฟ็คเตอร์ในการเข้าจับกับสายดีเอ็นเอเพื่อเหนี่ยวนำ
ให้เกิดการเข้าจับของเอ็นไซม์อาร์เอ็นเอโพลีเมอเรส หรือการเข้าจับกับสายดีเอ็นเอตรงบริเวณ
ที่เรียกว่าเอ็นฮานเซอร์ (enhancers) ของโปรตีนหลายชนิดที่ทำหน้าที่เป็นทรานสคริปชัน
แฟ็คเตอร์แล้วมีการกระตุ้นให้เอ็นไซม์อาร์เอ็นเอโพลีเมอเรสทำงานได้อย่างมีประสิทธิภาพ
มากยิ่งขึ้น หรืออาจจะเกิดโดยวิธีการเติมหมู่อะเซติล (acetyl group) เข้าที่กรดอะมิโนไลซีน
(lysine)ของโปรตีนฮีสโตน(histone)ทำให้ประจุบวกบนโปรตีนฮีสโตนลดลงส่งผลให้้
ประสิทธิภาพการจับกับสายดีเอ็นเอของโปรตีนชนิดดังกล่าวลดลง การคัดลอกดีเอ็นเอจึง
ทำได้ง่ายขึ้นในบางกรณีที่ไม่ต้องการให้ยีนนั้นแสดงออกก็จะมีการทำงานของโปรตีนตัวกด
ที่จะกีดขวางไม่ให้โปรตีนทรานสคริปชันแฟ็คเตอร์ เข้าจับกับสายดีเอ็นเอนอกจากนี้ยังมี
การเติมหมู่เมทิล(ไซโตซีน) เข้าที่เบส C ของสาย DNA ทำให้การแสดงออกของยีน
ลดน้อยลง ทั้งนี้เพราะทำให้เกิดการรบกวนหรือกีดขวางการจับระหว่างสายดีเอ็นเอและ
ทรานสคริปชันแฟ็คเตอร์