ชีวสารสนเทศศาสตร์มีเป้าหมายสำคัญอยู่ 3 ประการ ได้แก่

1. ช่วยในการจัดการข้อมูลให้ง่ายที่สุด เพื่อให้นักวิจัยสามารถเข้าถึงข้อมูลที่ทันสมัยและ
สามารถเพิ่มเติมข้อมูลใหม่ ๆ เข้าไปได้ตลอดเวลา และมีการเก็บรักษาข้อมูลจนกว่าข้อมูล
นั้นจะถูกวิเคราะห์เสร็จสิ้นแล้ว

2. พัฒนาเครื่องมือและทรัพยากรที่ช่วยในการวิเคราะห์ข้อมูล เช่น การเปรียบเทียบข้อมูล
ลำดับเบสหรือกรดอะมิโนโดยโปรแกรมบลาสต์ (blast) ในเว็บไซต์ของ NCBI ซึ่ง
โปรแกรมจะนำลำดับเบสหรือลำดับกรดอะมิโนที่เราสนใจไปเปรียบเทียบกับลำดับเบสหรือ
ลำดับกรดอะมิโนที่มีอยู่ในฐานข้อมูล และแสดงผลว่ามีความเหมือนกับสิ่งมีชีวิตชนิดต่าง ๆ
ในร้อยละเท่าใด เป็นต้น

3. นำเครื่องมือที่สร้างขึ้นมาใช้วิเคราะห์ข้อมูลและประมวลผลให้เกิดประโยชน์ตามความ
ประสงค์ของนักวิจัย ในสมัยก่อนข้อมูลของสิ่งมีชีวิตได้รับการศึกษาในรายละเอียดแต่ละชนิด
และมีการเปรียบเทียบมากที่สุดในระดับสิ่งมีชีวิตจนถึงระดับเซลล์ แต่ในยุคของชีวสารสน
เทศศาสตร์ สามารถนำข้อมูลที่เราสนใจเฉพาะส่วนมาใช้เพื่อสร้างผลิตภัณฑ์ที่มีีลักษณะ
ใหม่ ๆ ได้