เมื่อเราทราบโครงสร้างสามมิติของโปรตีนเป้าหมายที่ก่อให้เกิดโรค ชีวสารสนเทศศาสตร์์ช่วยให้เราสามารถคัดเลือกยาจำนวนมากได้อย่างจำเพาะ เจาะจงกับโปรตีนเป้าหมายนั้น โดยการนำยาเข้ามาทำปฏิกิริยากันบนโปรแกรม คอมพิวเตอร์ ยาชนิดใดจับกับโปรตีนเป้า หมายได้อย่างจำเพาะมากที่สุดจึงคัดเลือก มาใช้กับสิ่งมีชีวิตต่อไป