เครื่องสเปกโทรโฟโตมิเตอร์แต่ละแบบอาจมีเทคนิคการใช้และวิธีการใช้ แตกต่างกันบ้าง ซึ่งผู้ใช้ต้องศึกษาคู่มือการใช้งานโดยละเอียดก่อน สําหรับวิธีใช้ เครื่องสเปกโทรโฟโตมิเตอร์โดยทั่วไปมีดังนี้ 1. ถอดถุงคลุมเครื่องออก 2. เปิดสวิทซ์ไฟฟ้าเพื่ออุ่นเครื่องนาน 30 นาที 3. ปิดแสงจากภายในหรือภายนอกไม่ให้ตกกระทบตัวไวแสง โดยการปิดฝาครอบ ช่องใส่คิวเวทท์และปิดช่องแสงออก 4. เลือกความยาวคลื่นแสงที่ต้องการวัดโดยปรับปุ่มเลือกความยาวคลื่น 5. ปรับเครื่องเป็น 100%T หรือตั้งค่าการดูดกลืน ให้เป็นศูนย์ด้วยปุ่มปรับศูนย์ (ปุ่ม calibrate) 6. ใส่สารละลายอ้างอิง (reagent blank) ลงในช่องใส่คิวเวทท์ ปิดฝาช่องใส่คิวเวทท์ 7. ปรับ 100%T หรือค่าการดูดกลืนให้เป็นศูนย์ด้วยปุ่มปรับศูนย์การปรับใน ขั้นตอนนี้ต้องกระทําทุกครั้งที่มีการเปลี่ยนความยาวคลื่นแสงที่ใช้วัด 8. ใส่สารตัวอย่างลงในช่องใส่คิวเวทท์ ปิดฝาช่องใส่คิวเวทท์ 9. อ่านค่า %T หรือ absorbance 10. หลังเสร็จการใช้งาน ปิดสวิทซ์ไฟฟ้า ปล่อยให้เครื่องเย็นก่อนคลุมเครื่อง ด้วยถุงคลุมเครื่องมือ
นอกจากยูวี-วิสิเบิล สเปกโทรโฟโตมิทรี (UV-Vis Spectrophotometry) ซึ่งเป็นการวัดค่าการดูดกลืนแสงของสารแล้ว ยังมีเทคนิคหนึ่งที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในปัจจุบัน สำหรับการวิเคราะห์โมเลกุลบางชนิด นั่นคือเทคนิค fluorescence spectrometry เทคนิคนี้จะวัดการคายแสงที่เรียกว่าฟลูออเรสเซนส์ของสาร ข้อดีของเทคนิคนี้คือให้ขีดต่ำสุดในการวัด (detection limit) ดีกว่าเทคนิคยูวี-วิสิเบิล สเปกโทรโฟโตมิทรี และยังมีความจำเพาะเจาะจง (selectivity) ต่อโมเลกุลที่จะวิเคราะห์มากกว่าอีกด้วย อย่างไรก็ตาม ในด้านหลักการของเครื่องมือนั้น เครื่อง สเปกโทรฟลูออโรมิเตอร์ (spectrofluorometer) จะมีความซับซ้อนมากกว่าเครื่อง ยูวี-วิสิเบิล สเปกโทรโฟโตมิเตอร์ (UV-Vis spectrophotometer) โมเลกุลส่วนใหญ่สามารถวัดด้วยเทคนิค UV-Vis spectrophotometry ได้ แต่บางโมเลกุลเท่านั้นที่จะแสดงสมบัติการเกิดฟลูออเรสเซนต์ ดังนั้นเทคนิค fluorescence spectrometry จะเหมาะต่อการวิเคราะห์โมเลกุลบางประเภทเท่านั้น แต่จะมีความจำเพาะต่อโมเลกุลที่วิเคราะห์มาก เพราะเทคนิคนี้ต้องมีการเลือกทั้ง ความยาวคลื่น (ex) สำหรับการเร้าอิเล็กตรอน และเลือกวัดฟลูออเรสเซนต์ที่ออกมาอีก ที่ความยาวคลื่นหนึ่ง (em) ของแต่ละโมเลกุลให้เหมาะสม ดังนั้นโมเลกุลอื่นที่ถูกเร้าและเกิดฟลูออเรสเซนต์ที่คนละความยาวคลื่นก็จะไม่รบกวน
รูปที่ 4.11 energy level diagram for photoluminescent molecule
งานวิจัยหลายอย่างต้องอาศัยพื้นฐานความรู้ด้านจลน์ศาสตร์ (kinetic) ทั้ง โดยตรง เช่น การติดตามการเปลี่ยนแปลงความเข้มข้นของสาร การศึกษาอัตราการเกิดปฏิกิริยา หรือการหาค่าคงที่อัตรา เป็นต้น หรือแม้แต่ทางอ้อม เช่น บางปฏิกิริยาอาจเกิดเร็วหรือช้าเกินไป ดังนั้นการวัดสมบัติใดๆ ของสารจำเป็นต้องวัดที่เวลาใดเวลาหนึ่งเท่าๆ กันทุกครั้ง โดยทั่วไปถ้าสารสามารถดูดกลืนคลื่นแสงได้ในช่วงอัลตราไวโอเลต และแสงที่มองเห็นได้ เราสามารถศึกษา kinetic ของสารได้โดยใช้เทคนิค UV-Vis spectrophotometry เราอาจเขียนสมการทั่วไป แสดงการเกิดปฏิกิริยาใดๆ ได้ดังนี้ สารตั้งต้น (reactant) ----------> สารผลิตภัณฑ์ (product) สมการนี้บอกให้ทราบว่า ขณะเกิดปฏิกิริยาเคมี ปริมาณของสารตั้งต้นจะค่อยๆ หมด ไป ในขณะที่สารผลิตภัณฑ์จะค่อยๆ เพิ่มปริมาณขึ้น ดังนั้นเราอาจติดตามการเปลี่ยน แปลงของสารตั้งต้นหรือสารผลิตภัณฑ์ก็ได้