ในการออกซิไดซ์กรดไขมันที่มีจำนวนคาร์บอนเป็นเลขคี่ก็จะคล้ายกับการออกซิไดซ์กรดไขมันที่มีจำนวนคาร์บอนเป็นเลขคู่ คือ เริ่มจากปลายด้านที่มีหมู่คาร์บอกซิล แต่ในการออกซิไดซ์ครั้งสุดท้ายจะเหลือ fatty acyl-CoA ที่มีจำนวนคาร์บอน 5 อะตอม และเมื่อถูกออกซิไดซ์ก็จะได้เป็น acetyl-CoA และ propionyl-CoA ซึ่ง acetyl-CoA ก็จะเข้าสู่วัฏจักรกรดซิตริกต่อไป

       ส่วน propionyl-CoA ก็จะเข้าสู่วิถีอื่นที่เกี่ยวข้องกับ 3 เอนไซม์ โดย propionyl-CoA จะเข้าทำปฏิกิริยาคาร์บอกซิเลชัน (carboxylation) แล้วได้เป็น ปฏิกิริยานี้มีตัวเร่งเป็นเอนไซม์ propionyl-CoA carboxylase และใช้พลังงานไป 1 ATP จากนั้น D-methylmalonyl-CoA ก็จะถูกเปลี่ยนมาเป็น โดยมีเอนไซม์ methylmalonyl-CoA epimerase และในขั้นสุดท้ายเอนไซม์ methylmalonyl-CoA mutase ร่วมกับ deoxyadenosyl-cobalamin หรือ coenzyme B12 จะตัวเร่งปฏิกิริยาปฏิกิริยาให้ L-methylmalonyl-CoA เปลี่ยนเป็น succinyl-CoA และ succinyl-CoA ก็จะเข้าสู่สู่วัฏจักรกรดซิตริกต่อไป