กรดไขมันที่มีหนึ่งพันธะคู่
กรดไขมันส่วนใหญ่ในไตรเอซิลกลีเซอรอลและฟอสโฟไลปิดในสัตว์และพืชจะเป็นกรดไขมันไม่อิ่มตัวที่มีพันธะคู่อย่างน้อย 1 พันธะ และจัดเรียงตัวแบบซิสซึ่ง enoyl-CoA hydratase ไม่สามารถเร่งให้ปฏิกิริยาการเติมน้ำได้ แต่เนื่องจากการทำงานของ 2 เอนไซม์ นั่นคือ isomerase และ reductase ทำให้สามารถออกซิไดซ์กรดไขมันไม่อิ่มตัวได้
ตัวอย่างเช่น การออกซิไดซ์กรดไขมันทีมี 18 คาร์บอนและมี 1 พันธะคู่ => oleate
ในขั้นแรกของการออกซิไดซ์
oleate (ซึ่งมีพันธะคู่ 1 พันธะบนคาร์บอนตำแหน่งที่ 9) จะถูกเปลี่ยนเป็น
oleoyl-CoA (C-18) ซึ่งจะถูกส่งไปยังผนังของไมโทคอนเดรียในรูปของ oleoyl-carnitine
และจะเปลี่ยนกลับมาเป็น oleoyl-CoA เหมือนเดิมเมื่ออยู่ในแมทริกซ์ จากนั้น
oleoyl-CoA ก็จะถูกออกซิไดซ์ 3 ครั้ง ได้ 3 acetyl-CoA และและ coenzyme A
ester ของกรดไขมันไม่อิ่มตัวที่มี 12 คาร์บอน แต่ในการออกซิไดซ์ครั้งที่
4 ซึ่งเป็นตำแหน่งของพันธะคู่ที่มีการจัดเรียงตัวแบบซิส เอนไซม์ enoyl-CoA
isomerase ก็จะเปลี่ยน dodecenoyl-CoA (C12) จากซิส-ไอโซเมอร์มาเป็นทรานส์-ไอโซเมอร์
และเข้าสู่กระบวนการออกซิเดชันต่ออีก 5 ครั้งได้เป็น 6 acetyl-CoA
ดังนั้น oleoyl-CoA จะถูกออกซิไดซ์ทั้งหมด 8 ครั้งและได้ 9 acetyl-CoA
กรดไขมันที่มีพันธะคู่มากกว่าหนึ่งพันธะ
สำหรับกรดไขมันที่มีพันธะคู่มากกว่า 1 พันธะ จะต้องมีการทำงานร่วมของเอนไซม์ reductase จึงจะสามารถออกซิไดซ์ได้อย่างสมบูรณ์ เช่น การออกซิไดซ์ (C18) ซึ่งมีพันธะคู่ 2 พันธะบนคาร์บอนตำแหน่งที่ 9 และ 12 หลังจากเปลี่ยน linoleate เป็น linoleoyl-CoA แล้ว linoleoyl-CoA ก็จะถูกออกซิไดซ์ 3 ครั้ง ได้ 3 acetyl-CoA และ coenzyme A ester ของกรดไขมันไม่อิ่มตัวที่มี 12 คาร์บอน แต่ในการออกซิไดซ์ครั้งที่ 4 ซึ่งเป็นตำแหน่งของพันธะคู่ที่มีการจัดเรียงตัวแบบซิส เอนไซม์ enoyl-CoA isomerase ก็จะเปลี่ยน dodecenoyl-CoA (C12) จากซิส-ไอโซเมอร์มาเป็นทรานส์-ไอโซเมอร์ และเข้าสู่กระบวนการออกซิเดชันครั้งที่ 5 ได้อีก 1 acetyl-CoA แต่ในการออกซิไดซ์ครั้งที่ 6 ซึ่งเป็นตำแหน่งของพันธะคู่ที่มีการจัดเรียงตัวแบบซิสและอยู่ผิดตำแหน่ง ดังนั้นต้องมีเอนไซม์ 2,4-dienoyl-CoA reductase ช่วยในการรีดิวซ์จาก 2 พันธะคู่ให้เหลือ 1 พันธะคู่และอยู่ในตำแหน่งที่สามารถออกซิไดซ์ได้ จากนั้นเอนไซม์ enoyl-CoA isomerase ก็จะเปลี่ยนจากซิส-ไอโซเมอร์มาเป็นทรานส์-ไอโซเมอร์ และเข้าสู่กระบวนการออกซิเดชันอีก 4 ครั้งและได้อีก 5 acetyl-CoA
ดังนั้น linoleyl-CoA จะถูกออกซิไดซ์ทั้งหมด 8 ครั้งและได้ 9 acetyl-CoA
