เป็นเอนไซม์ที่เร่งปฏิกิริยาเปลี่ยนไปมาระหว่างสารที่เป็นไอโซเมอร์ (isomer) ซึ่งกันและกัน เช่น เอนไซม์ ที่ลงท้ายด้วย ไอโซเมอเรส และยังรวมถึงเอนไซม์ เอพิเมอเรส (epimerase) และ มิวเทส (mutase) ด้วย
ตัวอย่างเช่น เอนไซม์ ฟอสโฟกลูโค ไอโซเมอเรส (phospho-gluco isomerase : EC 5.3.1.9 ) เร่งปฏิกิริยาการเปลี่ยนไอโซเมอร์ระหว่าง
เอนไซม์อะลานีนราซีเมส (alanine racemase : EC 5.1.1.1) ซึ่งเร่งปฏิกิริยาการเปลี่ยนไอโซเมอร์ แอลและ ดี-อะลานีน