เป็นเอนไซม์ที่เร่งปฏิกิริยาเปลี่ยนไปมาระหว่างสารที่เป็นไอโซเมอร์ (isomer) ซึ่งกันและกัน เช่น เอนไซม์
ที่ลงท้ายด้วย ไอโซเมอเรส และยังรวมถึงเอนไซม์ เอพิเมอเรส (epimerase) และ มิวเทส (mutase) ด้วย

ตัวอย่างเช่น

 เอนไซม์ ฟอสโฟกลูโค ไอโซเมอเรส (phospho-gluco isomerase : EC 5.3.1.9 ) เร่งปฏิกิริยาการเปลี่ยนไอโซเมอร์ระหว่าง

กลูโคส-6-ฟอสเฟต  ฟรุคโตส-6-ฟอสเฟต

       เอนไซม์อะลานีนราซีเมส (alanine racemase : EC 5.1.1.1) ซึ่งเร่งปฏิกิริยาการเปลี่ยนไอโซเมอร์ แอลและ ดี-อะลานีน