โครงสร้างนาโนสังเคราะห์  เป็นโครงสร้างของวัตถุที่เกิดจากการที่มนุษย์เป็นผู้ลงมือสร้าง  ผลิต  หรือสังเคราะห์ขึ้นมา   ให้มีขนาดอยู่ในระดับนาโนเมตร (ก็คือ 1-100 นาโนเมตร)   โดยการใช้เทคโนโลยีและกระบวนการต่างๆ ในการจัดการอย่างเป็นระบบ  เพื่อที่จะนำมาใช้ประโยชน์ในด้านต่างๆ ต่อไป  ตัวอย่างเช่น  ท่อนาโนคาร์บอน  บัคมินสเตอร์ฟลูเลอรีนหรือบัคกี้บอล  ผลึกนาโน (nanocrystals)  เป็นต้น

          โครงสร้างนาโนในระบบธรรมชาติ  เป็นโครงสร้างของวัตถุทางชีวภาพที่มีขนาดของโครงสร้างอยู่ในระดับนาโนเมตร (ก็คือ 1-100 นาโนเมตร)  และเป็นโครงสร้างชีวภาพที่เกิดขึ้นเองตามวิวัฒนาการของสิ่งมีชีวิตตั้งแต่อดีตเป็นต้นมา  หรือที่เกิดขึ้นภายในสิ่งแวดล้อมที่อยู่ภายใต้เงื่อนไขความเป็นไปของระบบธรรมชาติ  ซึ่งแนวโน้มของปัจจุบันไปสู่อนาคตข้างหน้า  มนุษย์กำลังพยายามที่จะศึกษาคุณลักษณะ  คุณสมบัติ  หรือกลไกการทำงานของโครงสร้างนาโนในธรรมชาตินี้  หลังจากนั้นก็จะพยายามทำการสังเคราะห์โครงสร้างนาโนเหล่านั้นขึ้นมา  โดยอาศัยหลักการพื้นฐานและแนวทางของโครงสร้างนาโนของธรรมชาตินั่นเอง  เช่น  เอนไซม์เอทีพีซินเทส (ATP synthase)   ดีเอ็นเอ  โปรตีนไมโอซินและโปรตีนไคเนซิน   เป็นต้น