ระบบประสาท จะควบคุมการตอบสนองที่เกิดขึ้นและสิ้นสุดเร็ว เช่น การหดรัดตัวของกล้ามเนื้อ ทำให้เกิดการเคลื่อนไหวอย่างรวดเร็ว แต่ฮอร์โมนจากระบบต่อมไร้ท่อ โดยทั่วไปจะควบคุมการตอบสนองที่ช้ากว่า และมีผลต่อเนื่องเป็นระยะเวลานาน เช่น การเจริญเติบโตของเซลล์ไข่ในรังไข่

การเจริญของไข่ในรังไข่ซึ่งใช้ระยะเวลานาน แต่บางครั้งก็มีการทำงานอย่างรวดเร็ว เช่นการทำงานของอิพิเนฟริน (epinephrine) ซึ่งเป็นฮอร์โมนที่มีการหลั่งเมื่อตื่นเต้น ตกใจ ทำให้หัวใจเต้นเร็วขึ้น เช่นเด็กเห็นสุนัข ที่มีลักษณะดุร้ายแล้วรู้สึกกลัว ตื่นเต้น จะมีการหลั่งฮอร์โมนอิพิเนฟรินออกมา

ความตกใจทำให้อิพิเนฟรินหลั่ง หัวใจเต้นเร็วและวิ่งหนีได้ทันที

          อย่างไรก็ตามทั้งสองระบบจะทำงานสัมพันธ์กันตลอดเวลา (coordinating system)

การทำงานของระบบประสาท เช่น เมื่อเคาะเบาๆที่หัวเข่า จะตอบสนองโดยการกระตุกขา ซึ่งเกิดขึ้นเองโดยอัตโนมัติเรียกว่ารีเฟล็กซ์ (reflex) เนื่องจากกระแสประสาท จากหน่วยรับความรู้สึก ที่เข่า จะผ่านเซลล์ประสาทไปสู่ไขสันหลัง แล้วผ่านไปยังเซลล์ประสาทสั่งการโดยตรง ทำให้ขากระตุก ทันทีโดยสมองยังไม่ได้สั่งงาน กิริยาหรืออาการที่แสดงออก โดยระบบประสาทนี้ จะเกิดขึ้นในระยะ เวลาสั้นๆเรียกว่า รีเฟล็กซ์แอกชัน (reflex action) ดังภาพ

นอกจากนี้การทำงานของระบบต่อมไร้ท่อ หรือฮอร์โมนยังมีการทำงานร่วมกับระบบประสาท อย่างใกล้ชิด ตัวอย่าง ถ้าระดับน้ำตาลในเลือดต่ำ จะกระตุ้นการทำงานของระบบประสาทซิมพาเทติก ทำให้อัตราการเต้นของหัวใจเพิ่มขึ้น หลอดเลือดแดงหดรัดตัว ความดันโลหิตสูงขึ้นเป็นต้น และระบบประสาท ยังไปกระตุ้นการทำงานของต่อมไร้ท่อ ได้แก่ต่อมหมวกไตส่วนใน ให้หลั่งแคททีโคลามีน ออกมากระตุ้นตับ ให้มีการสลายไกลโคเจน กระตุ้นตับอ่อน ให้ผลิตอินซูลินน้อยลง กระตุ้นกลูคากอนให้มีการสลายไกลโคเจนมากขึ้น ทำให้มีการหลั่งน้ำตาลออกมา ทำให้ระดับน้ำตาลในกระแสเลือดและการทำงานของร่างกายเป็นปกติ

การทำงานร่วมกันของระบบประสาท และฮอร์โมน