สัตว์เลื้อยคลานนับเป็นสัตว์บกที่แท้จริงกลุ่มแรก และได้มีวิวัฒนาการอย่างมากจนทำให้เกิดสิ่งมีชีวิตมากมาย สัตว์เลื้อยคลานพวกแรกๆมีวิวัฒนาการไปหลายทาง เช่น วิวัฒนาการไปเป็นสัตว์เลื้อยคลานในปัจจุบัน หรือเป็นสัตว์เลื้อยคลานกลุ่มที่สูญพันธุ์ไปแล้ว เช่น ไดโนเสาร์ สัตว์เลื้อยคลานบางกลุ่มวิวัฒนาการไปเป็นสัตว์ปีกซึ่งเป็นบรรพบุรุษของนกในปัจจุบัน และสัตว์เลื้อยคลานบางกลุ่มก็วิวัฒนาการไปเป็นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม

สัตว์เลื้อยคลานวิวัฒนาการมาจากสัตว์สะเทินน้ำสะเทินบก
จากนั้นสัตว์เลื้อยคลานมีการแบ่งสายวิวัฒนาการออกไปเป็นสัตว์กลุ่มต่างๆ

หมายเหตุ
ภาพนี้ไม่ได้แสดงถึงเวลากับความหลากหลาย แต่แสดงถึงขั้นสูงต่ำของวิวัฒนาการ (ไม่เป็นไปตามแนวคิดของสตีเฟน เจ กูล)